目前，COVID-19的大流行仍然持续着，病毒对全球健康构成持续威胁。然而目前，由于缺乏人体宿主如何与包括SARS-CoV-2病毒在内的病毒相互作用的数据，限制了研究人员和医生开发和使用有效的治疗干预策略。近日，以色列雷霍沃特魏茨曼科学研究所免疫学系、国家传染病临床研究中心肝病研究所和深圳市第三人民医院、法国巴斯德研究所和CNRS的教授以及复旦大学上海公共卫生临床中心生物医学研究所合作在Cell杂志上发表文章，通过绘制宿主-病毒感染谱揭示了严重COVID-19病人的特征，文章题为"Host-viral infection maps reveal signatures of severe COVID-19 patients"。

      该研究的亮点包括：病毒追踪：研究人员开发了一个分析宿主-病毒感染谱的计算框架；对感染的细胞感染进行病毒跟踪排序，揭示了病毒诱导的基因表达；发现了SARS-CoV-2感染上皮细胞并改变重症患者的免疫功能；发现了同时感染SARS-Cov-2和hMPV会影响单核细胞和抑制干扰素反应。研究人员介绍了病毒追踪（Viral-Track），这是一种计算方法，它可以对未映射的scRNA-seq数据进行全局扫描，以寻找病毒RNA的存在，从而实现对受感染细胞和旁观者细胞的转录细胞排序。研究人员证明了病毒追踪系统地检测来自多种感染模型的病毒的敏感性和特异性，包括以无监督的方式检测乙型肝炎病毒。通过对COVID-19重症和轻症患者的支气管灌洗液样本进行病毒追踪，研究人员发现病毒对重症患者免疫系统的影响明显大于轻症患者。此外，研究人员还在使用病毒追踪的过程中意外地检测到人类偏肺病毒的联合感染，主要存在于I型干扰素信号通路中受损的单核细胞中。总的来说，研究人员开发的这种病毒追踪技术为病毒感染和病理机制的解剖提供了强有力的技术支持，揭示了不同症状病人之间的免疫学特征，有望为不同症状病人的个性化给药治疗提供参考建议。